孕初期有褐色分泌物可能由以下原因引起：一是性激素升高，二是先兆流产，三是胚胎停止发育，需根据具体情况对症治疗。
一、性激素升高：在孕初期，体内性激素增多，有时会出现褐色分泌物。若没有下腹痛等其他症状，通常并非是先兆流产。在此情况下，建议要注意休息，避免熬夜、疲劳以及感冒等，因为孕早期胚胎着床尚不稳定，要防止流产情况发生，同时要注意保持外阴部位的清洁卫生。
二、先兆流产：指怀孕28周内发生少量阴道流血，盆腔检查宫颈未开，胎膜完整，无妊娠物排出，子宫大小与妊娠期相符，且伴有腰骶部或会阴部疼痛等现象。如果出现先兆流产迹象，需先卧床休息。要是后期仍有分泌物流出，就应去医院检查。必须在医生指导下进行保胎，如果孕妇孕激素水平低，可采用孕激素支持治疗。对于先兆流产的治疗，除了卧床休息、禁止性生活外，还应为患者营造有利于心理稳定、缓解紧张的环境。对于有流产史的人，应给予更多的精神支持。
三、胚胎停止发育：即胎儿停育，是指在妊娠早期由于某种原因导致胎儿发育停止，致使胎儿死亡。多数孕妇并无明显特殊不适，有的表现为乳房胀痛和肠胃不适，部分孕妇可能会出现少量阴道流血。由于个体差异较大，没有绝对最好、最快、最有效的药物。可使用药物如米非司酮、米索前列醇等进行治疗。
总之，孕初期出现褐色分泌物要重视，明确原因后采取合适的应对措施。