前庭大腺囊肿主要是由于前庭大腺管开口阻塞，分泌物积聚而成。前庭大腺管阻塞的常见原因有以下几方面：
炎症因素
前庭大腺炎急性期： 当女性发生前庭大腺炎时，在炎症急性期，腺管开口处会出现肿胀，若未能及时有效治疗，炎症消退后，腺管黏膜会发生粘连，从而导致管口阻塞，分泌物无法排出，逐渐形成囊肿。例如，有研究发现约60%的前庭大腺囊肿患者是在前庭大腺炎反复发作后出现腺管阻塞进而形成囊肿的。其他炎症波及： 如阴道炎等炎症，炎症蔓延至前庭大腺，也可能引发腺管的炎症反应，导致管口阻塞。比如霉菌性阴道炎患者，如果炎症没有得到良好控制，炎症因子可能波及前庭大腺管，增加前庭大腺囊肿的发生风险。
腺管损伤
分娩损伤： 女性在分娩过程中，会阴部及阴道部位的损伤可能波及前庭大腺管。例如，经阴道分娩时，会阴侧切或会阴撕裂等情况，可能导致前庭大腺管受损，进而引起管口阻塞。据统计，约15%的前庭大腺囊肿患者有分娩时会阴或阴道部位损伤的病史。手术损伤： 如进行妇科相关手术时，若操作不当损伤前庭大腺管，也可能导致腺管阻塞。比如行处女膜修补术等手术时，如果涉及前庭大腺管区域，就有可能造成腺管损伤，引发囊肿。
先天性腺管狭窄或闭锁
先天性因素： 部分女性可能存在先天性的前庭大腺管狭窄或闭锁情况，这使得分泌物排出不畅，长期积聚就形成了囊肿。这种先天性因素导致的前庭大腺囊肿相对较少见，但也有一定比例，约占前庭大腺囊肿病因的10%左右。而且这种先天性的问题从出生时就存在潜在风险，只是可能在青春期后或性生活活跃期等阶段才逐渐显现出症状。