肠道菌群失调症可以通过调整饮食、药物干预等方法来治疗。一般来说，通过科学合理的干预，多数患者可以得到改善。
饮食调整方面
调整饮食结构： 首先要保证饮食均衡，增加膳食纤维的摄入。比如每天可以吃300~500克的蔬菜，像芹菜、西兰花等，蔬菜中的膳食纤维能为肠道有益菌提供“食物”，有助于维持菌群平衡。同时，要减少高脂肪、高糖食物的摄取，这类食物容易破坏肠道菌群环境。例如每周吃高脂肪、高糖食物的次数应控制在2次以内。注意饮食规律： 定时进餐很重要，建议每天三餐规律，每餐间隔时间保持在4-6小时左右。避免暴饮暴食，每餐七八分饱即可。另外，要注意食物的卫生，不吃变质、被污染的食物，防止有害菌趁机滋生破坏菌群平衡。
药物干预选择
益生菌制剂： 常用的有双歧杆菌四联活菌片，它含有双歧杆菌、嗜酸乳杆菌等多种有益菌，能补充肠道有益菌群，调节肠道菌群失调。还有枯草杆菌二联活菌颗粒，其中的枯草杆菌和屎肠球菌等有益菌可以改善肠道微生态环境。一般这类益生菌制剂需要按照说明书或医嘱服用，通常可以连续服用1-2周观察效果。益生元类药物： 像低聚果糖就属于益生元，它可以被肠道有益菌分解利用，促进有益菌生长繁殖。低聚果糖一般每天服用1-2次，每次的剂量根据产品说明来，一般儿童和成人有所不同，儿童用量相对较少。
生活方式调节
适度运动： 每天进行适量的运动，比如散步，每次散步30分钟左右，每周至少进行5天。运动可以促进肠道蠕动，有助于维持肠道菌群的正常功能。另外，瑜伽也是不错的选择，每周进行2-3次瑜伽练习，通过身体的伸展和呼吸调节，改善肠道的血液循环，对肠道菌群有益。保证充足睡眠： 成年人每天应保证7-8小时的睡眠时间。睡眠不足会影响肠道菌群的平衡，充足的睡眠有助于肠道进行自我修复和菌群的正常调节。比如每晚23点前尽量上床睡觉，保证睡眠质量，让身体各器官包括肠道能在睡眠中得到良好的调养。