怀孕时同房多数情况下不会造成胎儿畸形，特别是在妊娠中期进行同房，基本不会引发胎儿畸形。然而，在妊娠早期通常不建议同房。
一、在怀孕早期，因为胚胎刚刚着床，还不是十分稳定，这时候性生活中的某些机械性刺激、摩擦或冲撞，都有可能增大流产发生的风险。而且，怀孕早期胚胎的各个器官、系统都处在快速分化发育的阶段，对外界不良因素极为敏感。此时同房若因性生活带入细菌、病毒或其他病原微生物，可能导致生殖道感染。一旦生殖道感染发生上行感染进入宫腔，就很可能对胎儿产生影响，引起流产、早产，甚至出现胚胎停育和胎儿畸形。
二、所以在孕早期即怀孕12周以内，一般不建议孕妇进行性生活。到了妊娠中期，在孕妇没有任何不适，不存在腹痛出血、前置胎盘等妊娠期合并症和并发症的情况下，可以适当增加性生活。但性生活时动作要轻柔，并且要及时清洗外阴，以防止感染的发生。
尾段总结：总之，孕期同房在不同阶段有不同的注意事项，早期一般不宜，中期可适当进行但要注意轻柔及卫生等。需根据具体情况谨慎对待，以保障孕妇和胎儿的健康。