停经46天有孕囊未见胎心、胎芽，可能原因包括存在月经不调、怀孕天数推算不准确，或是胚胎停止发育。对此孕妇应及时就诊，综合B超检查结果、平时月经情况以及血HCG检查结果来分析，并采取相应处理措施。
一、月经不调：孕妇若平时月经不规律，月经周期较长，那么排卵时间也会相应推后。这样一来，停经天数与实际怀孕时间并不相符。所以当停经46天，实际怀孕天数可能还不到40天，这种情况下就可能看不到胎心、胎芽。如果此时未出现不适症状，可观察一星期后再做一次B超检查，通常再次检查时能看到胎心、胎芽。
二、胚胎停止发育：在怀孕早期，无论是母体因素、胚胎因素还是环境因素等都可能导致胚胎停止发育，从而出现有孕囊却未见胎心、胎芽的情况。一般当确定胚胎停止发育时，建议尽早终止妊娠。
总之，当停经46天出现有孕囊未见胎心、胎芽的情况时，需要综合多方面因素进行分析判断，并采取合适的应对方式。