孩子13岁个子矮，常见原因有先天遗传、后天营养以及佝偻病等疾病因素。可通过以下方法改善：
一、饮食调理：
1.多让孩子食用含钙丰富的食物，如海产品中的鱼、虾等。
2.还有豆腐、豆浆、牛奶、猪肉、鸡肉、牛肉、羊肉等食物，这些食物富含优质蛋白质与钙质，能有效助力孩子骨骼发育和身高增长。
二、体育锻炼：
1.适当进行户外体育锻炼，像弹跳式运动，如打篮球、跳绳、跳高、跳远、游泳等都对骨骼生长有益。
2.建议每天户外活动约1小时。
三、保证充足睡眠：
1.研究表明夜间11点到凌晨2点是生长激素分泌高峰期，此阶段保证充足睡眠极为重要。
2.同时孩子不要熬夜。
四、医院就诊：
1.若发现孩子身高过于矮，需去医院测骨龄。
2.若骨龄发育落后，要进行其他方面检查，如测骨骺发育，查看骨骺是否闭合，若未闭合则还可长高，还要检查性激素水平、生长激素水平是否正常，有无低下等情况，必要时进行头颅核磁检查，明确垂体有无发育异常，否则可能导致身材矮小等情况。
3.如果是因为生长激素缺乏，可在医生指导下使用生长激素治疗，按正规剂量接种即可。
总之，如果孩子与同龄人差距不大，可仅通过饮食调理、体育锻炼以及保证充足睡眠等方法来调理，但如果差距过大，建议及时到医院就诊，明确病因后对症治疗，以免孩子错过青春期身高增长的最佳时期。