抗磷脂综合征的病因目前尚未完全明确，但研究发现可能与以下因素有关。一般认为，遗传因素在其中起到一定作用，大约有1/3的抗磷脂综合征患者存在家族遗传倾向。
遗传因素相关
基因携带情况： 一些特定基因的突变或携带可能增加患抗磷脂综合征的风险。例如，某些与免疫系统调节相关的基因发生异常变化时，就可能干扰机体正常的免疫功能，进而引发抗磷脂综合征。研究表明，HLA - Ⅱ类基因等可能与抗磷脂综合征的遗传易感性相关。家族聚集现象： 如果家族中有亲属患有抗磷脂综合征，那么其他家族成员患病的概率比普通人群要高一些。不过，并非携带相关基因就一定会发病，还受到其他多种因素的综合影响。
免疫系统异常方面
自身抗体产生： 体内会产生抗磷脂抗体，如抗心磷脂抗体、狼疮抗凝物等。这些自身抗体可与体内的磷脂成分结合，引起一系列病理生理变化。例如，抗心磷脂抗体能干扰磷脂依赖的凝血过程，导致血液高凝状态，容易形成血栓。研究发现，在抗磷脂综合征患者中，抗心磷脂抗体阳性率较高，约有一半以上的患者存在该抗体阳性情况。免疫细胞功能紊乱： 免疫系统中的T细胞、B细胞等免疫细胞功能失调。B细胞会过度活化，产生过多的自身抗体；T细胞的调节功能异常，不能很好地控制B细胞的过度反应，从而导致自身免疫反应持续存在，引发抗磷脂综合征相关的血管和组织损伤等表现。
感染因素影响
某些病原体感染： 一些病毒感染可能与抗磷脂综合征的发病有关。比如，风疹病毒、丙型肝炎病毒等感染后，可能会触发机体的免疫反应异常。有研究发现，感染丙型肝炎病毒的患者中，出现抗磷脂综合征相关表现的比例比正常人群有所升高。病毒感染可能通过分子模拟机制，使机体产生针对自身磷脂成分的抗体，进而诱发抗磷脂综合征。另外，细菌感染也可能在一定程度上影响免疫系统，参与抗磷脂综合征的发病过程，但相对病毒感染来说，证据相对少一些，但也是可能的影响因素之一。