引起肾结石疼痛的原因主要有以下几点：
1.结石梗阻：肾结石在排出过程中可能会卡在输尿管或肾盂与输尿管连接的部位，导致尿液排出受阻，肾盂内压力升高，从而引起疼痛。这种疼痛通常比较剧烈，呈阵发性发作，可能伴有恶心、呕吐等症状。
2.感染：肾结石容易合并感染，尤其是在梗阻的情况下，细菌更容易滋生。感染会导致炎症反应，刺激肾盂和输尿管黏膜，引起疼痛。此外，感染还可能加重结石引起的梗阻，形成恶性循环。
3.平滑肌痉挛：肾盂和输尿管的平滑肌受到刺激时会发生痉挛，引起疼痛。这种疼痛通常比较剧烈，可持续一段时间。
4.心理因素：部分患者可能会因为对疾病的恐惧、焦虑等心理因素而出现疼痛感觉。
需要注意的是，对于肾结石疼痛的治疗，需要根据具体情况进行个体化的方案制定。在治疗过程中，患者需要注意休息，多喝水，以促进结石的排出。如果疼痛严重，可以使用止痛药缓解症状。如果结石较大或存在其他并发症，可能需要进行手术治疗。此外，定期复查也是非常重要的，以便及时发现和处理任何潜在的问题。