灰指甲最快最有效果的治疗方法包括口服药物、外用药物以及手术治疗等。口服抗真菌药物如伊曲康唑，一般按照冲击疗法，一个疗程大概需要几个月时间，但能有效抑制真菌。
口服抗真菌药物治疗
伊曲康唑： 它是脂溶性药物，餐后立即服用有助于吸收。其作用机制是抑制真菌细胞膜麦角固醇的合成，从而发挥抗真菌作用。不过，服用伊曲康唑前需要检查肝功能，因为它可能对肝脏有一定影响，肝功能异常者需谨慎使用。特比萘芬： 是一种烯丙胺类抗真菌药，能选择性抑制真菌角鲨烯环氧化酶，使真菌细胞膜形成受阻达到杀菌作用。口服特比萘芬相对来说对肝脏的影响比伊曲康唑小一些，但也需要定期监测肝功能。
外用药物治疗
阿莫罗芬搽剂： 它可以干扰真菌细胞膜麦角固醇的合成，从而影响真菌的生长和繁殖。使用时要先清洁病甲，然后将搽剂涂抹在病甲上，一般一周使用1 - 2次，需要坚持使用几个月才能看到较好的效果，而且对于较严重的灰指甲，单纯外用效果可能不如口服药物。环吡酮胺乳膏： 通过改变真菌细胞膜的完整性，引起细胞内物质外流，并阻断其营养摄取而导致真菌死亡。外用时直接涂抹在病甲及周围皮肤，每天使用1 - 2次，使用过程中要注意避免接触眼睛和口腔等黏膜部位。
手术治疗
拔甲术： 对于单发的灰指甲，可以考虑拔甲。手术需要在局部麻醉下进行，将病甲拔除。不过拔甲后新长出的指甲有可能还是不健康的，而且拔甲后需要配合抗真菌药物治疗，否则容易复发，并且拔甲会给患者带来一定的痛苦，术后恢复也需要一定时间，要注意预防感染。激光治疗： 利用激光的光热效应破坏真菌。不过激光治疗灰指甲目前还处于临床探索阶段，一般需要多次治疗，而且对于不同类型的灰指甲效果可能有所差异，费用相对较高，并不是所有患者都适合激光治疗。