早上起来小腿酸痛可能由多种原因引起，比如运动因素，若前一天进行了大量运动，尤其是无氧运动，可能导致小腿肌肉中乳酸堆积，一般这种情况在1-2天内可能会逐渐缓解。
运动相关因素
运动强度过大： 如果前一天进行了长时间、高强度的跑步、爬山等运动，小腿肌肉持续收缩，代谢产生乳酸等物质，就容易在早上出现酸痛。一般轻度的这种情况通过休息、拉伸等可缓解。运动前准备不足： 运动前没有充分热身，突然进行较剧烈运动，小腿肌肉突然受到较大负荷，也会导致早上起来酸痛。
疾病因素
腰椎间盘突出症： 当腰椎间盘突出压迫到支配小腿的神经时，可能会引起小腿酸痛，这种情况可能还伴有下肢麻木、无力等症状，且可能反复发作，不是偶尔一次的简单酸痛。下肢血管病变： 如下肢静脉曲张，静脉回流不畅，早上起来可能出现小腿酸痛，还可能看到小腿表面静脉迂曲扩张；若有下肢动脉粥样硬化，导致下肢供血不足，也可能引起小腿酸痛，尤其在晨起时明显。
其他因素
寒冷刺激： 夜间睡眠时小腿保暖不当，受寒冷刺激后，小腿肌肉痉挛，也会导致早上起来酸痛，这种情况通过保暖、按摩等可改善。缺钙： 中老年人或孕妇等人群，若钙质摄入不足或流失较多，血钙浓度降低，会引起肌肉兴奋性增高，出现小腿酸痛，尤其是在早上容易发作，可能还伴有抽筋等表现。