眼睛不舒服老是眨眼睛可能是由以下原因导致：
一、结膜炎：
1.结膜炎可因物理和化学刺激、过敏反应，或者细菌、病毒、衣原体等病原微生物引起。表现为眼睛老是眨、揉眼频率增加、眼睛发红、怕光等。如果是小孩，其鼻泪管内部有层膜可能没有完全开放，就容易受到感染，从而导致小孩子眼睛不舒服老是眨眼睛。
2.治疗需根据感染原因进行，常用药物如妥布霉素滴眼液、阿昔洛韦滴眼液等。同时，小孩用的毛巾要严格与大人的分开使用，且要经常烫洗，以减少感染的环节和机会。
二、角膜炎：
1.眼角膜本身无血管、抵抗力较弱，很容易受外界影响。受外伤或感染就可能使人患上角膜炎，其症状表现为疼痛、视力障碍、眼睑痉挛、眼有畏光和流泪等，这会致使眼睛不舒服老是眨眼睛。
2.同样需根据感染原因进行治疗，常用药物有左氧氟沙星滴眼液、妥布霉素滴眼液等。
三、眼睛干涩：
1.因长期直视电子设备或不注意放松眼睛而引起，一般高度数的患者更易出现眼睛干涩以及老是眨眼睛的情况。
2.可以使用人工泪液进行缓解，常用药物有玻璃酸钠滴眼液、聚乙烯醇滴眼液等。
四、过敏：
1.由吸入物（如花粉、屋尘螨等）、食物（如鱼、虾、牛羊肉等）、生活环境（如炎热、干燥等）导致过敏。会表现为眼睛不舒服老是眨眼睛，同时皮肤有破损呈丘疹，且有丘疹及少量丘疱疹。
2.可使用抗过敏眼药治疗，如奥洛他定滴眼液、色苷酸钠滴眼液等，同时要注意多吃清淡食物如黄豆、豌豆、蚕豆、豆芽等，对于上火刺激性食物要忌口。
总结：眼睛不舒服老是眨眼睛的原因较多，包括结膜炎、角膜炎、眼睛干涩、过敏等。针对不同原因要采取相应的治疗措施和注意事项，以缓解症状和改善眼部健康。