婴儿囟门小可能存在一些影响，正常婴儿前囟门大小约为1.0~2.0厘米×1.0~2.0厘米，如果囟门过小，可能会对婴儿发育产生多方面影响。
影响头围发育
囟门是婴儿头颅骨之间的缝隙，它对头围的发育有一定影响。如果婴儿囟门过小，可能会限制头颅骨的正常生长空间，导致头围增长受限。有研究发现，部分囟门过小的婴儿头围增长速度可能比正常婴儿慢1/3左右。骨缝早闭风险： 囟门过小有时可能提示颅骨骨缝过早闭合。比如矢状缝早闭时，就会出现囟门过小的情况，这会影响大脑的正常发育空间，因为大脑需要足够的空间来生长和发育，骨缝过早闭合会使颅腔容积变小，可能影响脑的正常发育。
影响神经系统发育
囟门与婴儿的神经系统发育密切相关。囟门过小可能会对颅内压力产生影响，进而干扰神经系统的正常功能。颅内压力如果因为囟门过小而调节不畅，可能会影响脑部血液循环，导致神经细胞得不到充足的血液供应，影响神经细胞的正常代谢和功能。例如，长期颅内压力异常可能会使婴儿出现反应迟钝等情况。智力发育潜在影响： 从长期来看，囟门过小可能会对婴儿的智力发育有一定潜在影响。如果脑发育空间受限，可能会影响大脑皮层的发育，而大脑皮层是智力活动的重要区域。有临床观察发现，囟门过小且伴有头围明显偏小的婴儿，在智力发育评估中，得分可能比正常婴儿低约20%左右。
与疾病关联
囟门过小还可能与一些疾病相关。比如先天性甲状腺功能减退症的婴儿，可能会出现囟门过小的情况。因为甲状腺激素对婴儿的生长发育包括骨骼发育等都有重要作用，甲状腺功能减退时，会影响骨骼的生长和囟门的发育。另外，狭颅症也会导致囟门过小，狭颅症是一种颅骨先天性发育异常疾病，由于颅骨缝过早闭合，使得囟门变小，同时还可能伴有头颅畸形等表现。