宝宝睡觉起来眼睛肿了可能由多种原因导致，具体包括以下这些：
一、喝水过多：由于宝宝肾脏的排泄功能相对较差，如果饮水量较多，而又未能及时通过肾脏排泄掉，这些水分潴留在体内，就可能致使宝宝在睡觉起来后出现眼睛肿的状况。
二、蚊子叮咬：宝宝的皮肤较为娇嫩，一旦蚊子叮咬了宝宝的眼皮，就很容易让宝宝的眼睛呈现出明显的红肿现象，同时往往还伴有局部显著的瘙痒等症状。
三、结膜炎：这种情况常见于呼吸道感染时，或者是宝宝的手不干净时揉眼睛而引发的结膜炎，会有宝宝睡醒后眼睛浮肿、有分泌物或是结膜充血等表现。
总之，造成宝宝睡觉起来眼睛肿了的情形有很多，应当及时前往医院就诊，明确具体原因后给予有针对性的治疗。