肝脏囊肿形成的原因较为多样，其中先天性因素比较常见，比如在胚胎发育时期，胆管发育异常就可能逐渐形成囊肿，这类先天性的肝脏囊肿可能从出生后就存在，只是很多人在成年后才被发现。
一、先天性发育异常导致
胆管发育异常： 在胚胎时期，胆管的发育出现偏差，部分胆管结构异常，进而形成囊肿样的结构。这种情况往往是基因等因素影响了胆管的正常分化过程，使得胆管在生长发育中没有形成正常的管道系统，而是出现局部的扩张形成囊肿。肝内迷走胆管： 肝内存在一些原本不该有的迷走胆管，这些迷走胆管在生长过程中，也可能逐渐发展成囊肿。它们的存在和异常生长与胚胎发育阶段胆管的分化紊乱有关。
二、寄生虫感染引发
肝包虫囊肿： 这是由细粒棘球绦虫的幼虫感染引起的。当人体摄入了含有棘球绦虫卵的食物或水后，虫卵在肠道内孵化出幼虫，幼虫会通过血液循环到达肝脏，在肝脏内逐渐生长发育形成囊肿。比如在一些畜牧地区，人们接触到受污染的环境等，就容易感染肝包虫囊肿。
三、创伤因素导致
外伤后形成： 当肝脏受到外力撞击等创伤时，肝脏内部的小胆管可能会受损，局部组织出现血肿等情况，之后血肿机化，小胆管阻塞扩张，也有可能形成囊肿。例如腹部受到严重撞击的患者，后续检查可能发现肝脏囊肿与之前的创伤有关。医源性创伤： 在一些肝脏相关的医疗操作中，如肝穿刺活检等，如果操作不当，也可能导致肝脏组织损伤，进而引发局部的囊肿形成。不过这种医源性导致的肝脏囊肿相对比较少见，但也是可能的因素之一。