高烧39℃且喉咙痛常见于流行性感冒、急性扁桃体炎、急性咽喉炎等疾病，需到医院就诊并遵医嘱进行相应治疗。
一、流行性感冒：主要因流行性感冒病毒感染引起，患者常出现高烧症状，可能还伴有喉咙痛、头痛、肌肉酸痛、乏力等表现。针对流行性感冒导致的高烧39℃喉咙痛，可遵医嘱使用对乙酰氨基酚片、氨咖黄敏胶囊等药物来退烧止痛，还可使用磷酸奥司他韦颗粒等抗病毒药物进行治疗。同时，可配合物理降温方法来帮助退烧，比如使用湿毛巾擦拭身体等。
二、急性扁桃体炎：常见诱因是细菌、病毒等感染，患者会有高烧39℃喉咙痛的症状，同时伴有淋巴结肿大、扁桃体肿大、吞咽困难等情况。在治疗上，可以用温盐水漱口。也可遵医嘱使用解热镇痛药，如布洛芬缓释片等。对于病毒感染引发的急性扁桃体炎通常可自愈，也可使用抗病毒药物如利巴韦林片等进行治疗，而对于细菌感染导致的急性扁桃体炎，则可遵医嘱使用阿莫西林胶囊等抗生素进行治疗。
三、急性咽喉炎：可能由细菌感染导致，症状严重者除喉咙痛外，还可能出现高烧39℃的状况。一般需要使用抗生素治疗，比如遵医嘱使用阿莫西林克拉维酸钾片等。
总之，当出现高烧39℃且喉咙痛时，要及时就医，明确病因后在医生指导下进行针对性治疗。