小脑萎缩的引起原因较多，遗传因素是其中之一，约5%-10%的小脑萎缩患者是由遗传基因突变导致，比如脊髓小脑性共济失调相关基因发生突变，就可能引发小脑萎缩，且这类患者往往有家族遗传病史。
遗传因素导致
基因突变类型多样： 像常染色体显性遗传的脊髓小脑性共济失调，有多个亚型相关基因发生突变，不同亚型的基因位点不同，会影响小脑等部位的神经细胞正常功能，逐渐引发小脑萎缩。家族遗传倾向明显： 如果家族中有小脑萎缩患者，其他家族成员患小脑萎缩的风险会比普通人群高，通过基因检测等手段可以早期发现有遗传突变风险的个体。
神经系统疾病继发
多发性硬化： 这是一种中枢神经系统炎性脱髓鞘疾病，免疫系统攻击中枢神经系统的髓鞘，影响神经传导，长期患病可能累及小脑，导致小脑萎缩。患者除了小脑萎缩相关症状外，还可能有肢体无力、视力障碍等表现。帕金森病晚期： 帕金森病主要影响黑质纹状体通路，但病情进展到晚期时，也可能出现小脑功能受累情况，进而引发小脑萎缩，患者会出现平衡障碍、共济失调等加重的表现。
中毒因素影响
酒精中毒： 长期大量饮酒的人，酒精及其代谢产物会对小脑等神经系统产生毒性作用。一般饮酒超过10年以上，且每天酒精摄入量较多（比如男性每天摄入酒精量超过60克，女性超过40克），就容易导致小脑萎缩。酒精会损害小脑的神经细胞，影响其正常结构和功能，出现走路不稳、动作不协调等小脑萎缩相关症状。药物中毒： 某些药物长期或过量使用也可能引起小脑萎缩，比如长期大量使用抗癫痫药物苯妥英钠，可能对小脑造成一定损伤，导致小脑萎缩发生，但这种情况相对较少见，一般在规范用药监测下可避免。
其他因素
慢性疾病影响： 像长期严重的甲状腺功能减退症，如果没有得到良好控制，甲状腺激素缺乏会影响神经系统的发育和维持，可能导致小脑萎缩。患者除了有甲状腺功能减退的一般表现外，还会出现共济失调等小脑受累症状。营养缺乏： 长期营养不良，尤其是缺乏维生素B12等营养物质，会影响神经系统的正常代谢，可能引发小脑萎缩。维生素B12参与神经髓鞘的合成等重要生理过程，缺乏时会导致神经病变，包括小脑部位的神经病变，进而出现小脑萎缩相关表现。