做胃镜可能存在一些坏处，比如检查过程中可能会有不适反应，有少数人在做胃镜后可能会出现咽部不适、腹痛等情况。据统计，大约1% - 2%的人在做胃镜时可能会出现较为明显的恶心、呕吐等不适。
检查过程中的不适反应
咽部不适： 在做胃镜时，胃镜通过咽部会刺激咽部黏膜，部分人检查后会感到咽部有异物感、疼痛等不适，一般1 - 2天可缓解。恶心呕吐： 胃镜进入食管和胃时，会刺激胃肠道，约有5% - 10%的人在检查过程中会出现恶心、呕吐症状，严重的可能会影响检查的顺利进行。
可能的并发症风险
出血： 虽然概率很低，约为0.01% - 0.05%，但如果患者本身有食管胃底静脉曲张等情况，做胃镜时可能会导致出血。不过现在的胃镜操作技术不断改进，这种风险已经大大降低。穿孔： 更为罕见，发生率约为0.001% - 0.005%，多发生在有消化道溃疡、肿瘤等病变导致胃肠道壁较薄的患者身上，一旦发生穿孔需要紧急手术治疗。
对心理的影响
产生恐惧心理： 部分人对做胃镜存在恐惧心理，主要是因为听说胃镜检查会比较难受，这种恐惧心理可能会持续较长时间，尤其是对于第一次做胃镜的人来说，可能会在检查前就出现焦虑情绪，影响检查的配合度。而且这种恐惧心理可能会导致部分人延误病情，因为害怕做胃镜而不去进行必要的胃部疾病排查。