怀孕三个月以上进行引产需住院，其流程如下：
一、首先需通过B超明确胎儿孕周，若怀孕在13周以下可直接住院引产且无需证明；若在13周及以上，则要开具当地县级以上计生委证明，经医院审核合格后才可住院引产。
1.怀孕13周以下：可直接住院进行引产操作，不需要额外证明。
2.怀孕13周及以上：开具县级以上计生委证明，确保符合引产条件。
二、住院后要检查B超、血常规、肝肾功能等，确保无异常后，医生会发放引产药物。
1.小月份（一般五个月之前）：发放口服药物引产，药物服用三天，头两天是软化宫颈的药物，第三天是促使子宫收缩的药物，通常第三天胎儿会排出。
2.五个月及以上：医生会进行羊膜腔穿刺打引产针，将引产药物注入羊膜腔内引发宫缩，一般人在引产针打完72小时内排出胎儿。
三、胎盘不能自行排净，胎儿排出第二天需做清宫术，至此整个引产过程结束。
四、清宫顺利第二天可出院，引产之后医生可能会根据情况给予抗生素预防感染，口服益母草促进子宫收缩。
总之，怀孕三个月以上引产的流程较为复杂，包括确定孕周及相关证明、检查后发放药物、排出胎儿和胎盘的方式、清宫以及后续处理等环节。