三岁宝宝耳朵后面出现小疙瘩，可能是皮下结节、淋巴结肿大、鳃裂囊肿等情况所致。需尽快前往医院检查以明确病因，并严格遵循医嘱进行治疗。具体如下：
一、皮下结节：可能因宝宝接触某种化学品产生刺激，进而引发炎症，炎症持续浸润就会形成皮下结节，导致耳朵后有小疙瘩，还有可能出现麻风等表现。治疗上可遵医嘱使用头孢克洛分散片、阿莫西林胶囊等药物。
二、淋巴结肿大：若宝宝遭蚊虫叮咬后，因不注意卫生常常用手抓挠，从而导致细菌感染引发炎症，炎症持续刺激就会引起淋巴结肿大，出现耳朵后有小疙瘩的情况，可能还会伴有乏力、体重下降等症状。治疗可遵医嘱应用阿莫西林胶囊、罗红霉素分散片等药物。
三、鳃裂囊肿：可能源于先天发育异常，在宝宝发育过程中，鳃裂未完全消失而有上皮组织残留，残留的上皮组织就可能形成囊肿或瘘，致使耳朵后有小疙瘩，通常无自觉症状，一般建议及时到医院进行手术切除治疗。
总之，当发现宝宝耳朵后有小疙瘩时，要及时就医明确具体原因，以便采取针对性的治疗措施。