治疗咽炎并没有绝对效果最好的药物，需根据不同类型和病因选择合适药物。一般来说，急性咽炎多由病毒或细菌感染引起，常用药物有抗生素类和抗病毒类等；慢性咽炎则以对症治疗药物为主。
急性咽炎的药物治疗
病毒感染引起的急性咽炎：一般可使用干扰素α等抗病毒药物，这类药物能抑制病毒复制，但通常症状较轻的病毒感染引起的急性咽炎，可通过自身免疫力在1周左右恢复，若需用药辅助，可使用一些清热解毒的中成药，如蓝芩口服液，它能缓解咽部肿痛等症状。细菌感染引起的急性咽炎：如果是细菌感染，常用青霉素类抗生素，如青霉素V钾片，它能抑制细菌细胞壁合成来杀菌，但使用前需确认患者不对青霉素过敏。也可选用头孢菌素类抗生素，如头孢拉定胶囊，对多种细菌有抑制作用。
慢性咽炎的药物治疗
局部含漱药物：常用复方硼砂溶液，它能清洁口腔、杀菌消炎，含漱时每次10 - 20毫升，每日2 - 3次。还有呋喃西林溶液，同样有清洁、杀菌作用，含漱方法与复方硼砂溶液类似。局部含片：如度米芬含片，能吸附细菌表面的阴离子，抑制细菌代谢，从而发挥抗菌作用。还有西瓜霜含片，可缓解咽部干燥、疼痛等不适症状。
过敏性咽炎的药物治疗
抗组胺药物：常用氯雷他定片，它能选择性地阻断组胺H1受体，缓解过敏引起的咽部瘙痒、咳嗽等症状，成人一般每日服用1次，每次10毫克。还有西替利嗪片，也能有效减轻过敏性咽炎的相关症状，成人通常每晚服用1次，每次10毫克。糖皮质激素雾化吸入：对于症状较严重的过敏性咽炎，可采用布地奈德混悬液雾化吸入，它能快速减轻咽部黏膜的水肿、炎症反应，但一般不建议长期大量使用，需在医生指导下根据病情使用。