怀孕初期孕酮低可能由多种原因引起。一般来说，怀孕初期孕酮低常见的原因有以下几方面。
黄体功能不全
卵巢本身因素： 女性卵巢中的黄体是分泌孕酮的主要结构，如果黄体本身的功能出现问题，比如黄体发育不良等，就会导致孕酮分泌不足。研究发现，约有30% - 40%的孕酮低是因为黄体功能不全引起的。内分泌系统影响： 下丘脑 - 垂体 - 卵巢轴的调节紊乱也会波及黄体功能，从而影响孕酮的分泌。比如垂体分泌的促黄体生成素等激素水平异常，就可能导致黄体功能不全，进而使孕酮水平降低。
胚胎因素
胚胎质量问题： 如果胚胎本身存在染色体异常等问题，会影响胚胎的正常发育，进而影响母体的孕酮分泌。据统计，约有50% - 60%的自然流产与胚胎染色体异常有关，而胚胎异常往往伴随孕酮低的情况。滋养细胞功能不良： 滋养细胞是胚胎着床后形成的重要细胞，它对于维持孕酮的分泌起着重要作用。如果滋养细胞功能不良，就无法产生足够的孕酮来维持妊娠，导致孕酮水平偏低。
其他因素
外界不良刺激： 孕妇在怀孕初期如果受到不良的外界刺激，像过度劳累、精神过度紧张、遭受重大精神打击等，可能会影响体内的激素平衡，进而导致孕酮低。例如，长期处于高压状态下的孕妇，孕酮水平异常的概率相对会高一些。疾病影响： 一些全身性疾病也可能影响孕酮的分泌。比如甲状腺功能减退症，会影响甲状腺激素的分泌，进而干扰下丘脑 - 垂体 - 卵巢轴的功能，导致孕酮水平降低；肾上腺疾病等也可能通过影响激素代谢等途径，引起孕酮低的情况。