稽留流产最可能的原因包括胚胎因素，约占50%~60%，比如染色体异常，无论是数目异常还是结构异常，都容易导致胚胎发育停止，进而引发稽留流产；母体因素也较为常见，像全身性疾病，如严重的糖尿病未控制好、高血压等，会影响胎盘供血供氧，导致胚胎停止发育；内分泌异常也是重要因素，例如黄体功能不全，会使孕激素分泌不足，无法维持胚胎正常发育，大约有20%的稽留流产与黄体功能不全有关；还有免疫功能异常，自身免疫性疾病患者体内存在抗磷脂抗体等，会影响胎盘免疫耐受，导致胚胎被排斥，引发稽留流产。
胚胎因素方面
染色体异常： 染色体异常是导致稽留流产最常见的胚胎因素之一。无论是精子或卵子携带的染色体数目异常，比如21-三体、18-三体等，还是染色体结构异常，如平衡易位、罗氏易位等，都可能使胚胎无法正常发育，最终出现稽留流产。据统计，在早期稽留流产中，约有50%~60%与染色体异常相关。
母体因素方面
全身性疾病： 孕妇患有严重的全身性疾病时易引发稽留流产。像患有未控制的糖尿病，高血糖环境会影响胎盘的代谢功能，导致胎盘功能不全，从而影响胚胎发育；患有严重高血压时，全身小动脉痉挛，胎盘血流灌注减少，也会阻碍胚胎正常生长，增加稽留流产的风险。内分泌异常： 内分泌异常也是母体因素中导致稽留流产的重要原因。其中黄体功能不全较为常见，黄体分泌的孕激素对维持妊娠至关重要，若黄体功能不全，孕激素分泌不足，就无法为胚胎着床和发育提供良好的内分泌环境，大约有20%的稽留流产与黄体功能不全有关。
免疫功能异常方面
自身免疫性疾病： 自身免疫性疾病患者容易出现稽留流产。例如抗磷脂抗体综合征患者，体内存在抗磷脂抗体，这种抗体可与胎盘滋养细胞结合，影响胎盘的免疫耐受，导致胎盘血栓形成，血流灌注减少，进而使胚胎停止发育，引发稽留流产。