关键点：小肚子疼、尿频、腰疼可能由肾盂肾炎、输尿管结石、输尿管炎引起。
一、肾盂肾炎：
这主要是由细菌感染导致，细菌从尿道上行至膀胱、输尿管及肾脏，引发肾脏炎症反应。像是留置导尿管、进行输尿管镜检、逆行性肾盂造影等情况会使尿道黏膜受损，从而将细菌带入泌尿道而诱发肾盂肾炎。肾盂肾炎会使尿液中有炎性物质，这些炎性物质刺激肾脏黏膜或输尿管黏膜，进而导致腰疼和尿频。部分病人还会出现沿输尿管向膀胱方向放射的腹部疼痛，即出现小肚子疼。
二、输尿管结石：
其主要与形成结石的物质排出增多、饮水过少、尿路梗阻有关，也可能是肾脏结石掉落至输尿管所导致。输尿管结石刺激输尿管黏膜，会引起输尿管平滑肌痉挛收缩，出现极为剧烈且难以忍受的输尿管绞痛，疼痛可沿输尿管走行放射至同侧腹股沟，也就会有小肚子疼、尿频、腰疼的表现。
三、输尿管炎：
主要是由大肠埃希菌、变形杆菌、铜绿假单胞菌、葡萄球菌等病原微生物感染引起，进行输尿管镜检也可能引发输尿管炎。当输尿管受病原微生物感染时，会引起局部炎症反应，导致输尿管平滑肌痉挛收缩，从而出现小肚子疼、尿频、腰疼等情况。
总结概况提示：小肚子疼、尿频、腰疼可能是多种疾病的症状表现，文中详细阐述了肾盂肾炎、输尿管结石、输尿管炎这三种疾病导致这些症状的原因和具体机制。