怀孕39天早上小便后擦拭有褐色分泌物，可能是以下原因引起：
1.先兆流产：怀孕39天时，孕囊可能还不太稳定，过度劳累、剧烈运动、孕酮水平低等因素可能导致先兆流产，出现少量阴道流血，表现为褐色分泌物。此时应注意休息，避免劳累和剧烈运动，同时尽快就医，医生一般会建议进行孕酮和人绒毛膜促性腺激素（hCG）检测，并根据检查结果决定是否需要保胎治疗，如使用黄体酮、地屈孕酮等药物。
2.异位妊娠：受精卵在子宫体腔以外的部位着床发育，称为异位妊娠，以输卵管妊娠最常见。异位妊娠时，由于胚胎发育不良，也可能出现阴道流血，常为少量褐色分泌物。此外，还可能伴有腹痛、肛门坠胀等症状。一旦怀疑异位妊娠，应立即就医，进行超声检查等，以明确诊断。确诊后应根据具体情况选择手术治疗或药物治疗。
3.宫颈息肉：宫颈息肉是宫颈管黏膜局部增生，形成的赘生物，质软，易出血，颜色可为鲜红色、粉红色或褐色。怀孕后，由于激素水平的变化，宫颈息肉可能会增大，导致出血。这种情况一般需要在医生的指导下进行息肉摘除术。
4.其他：葡萄胎、胎盘前置状态等也可能导致怀孕后阴道流血。
总之，怀孕39天出现褐色分泌物需要引起重视，建议及时就医，进行相关检查，以明确原因，并采取相应的措施。同时，在等待就医的过程中，应注意休息，避免性生活，保持外阴清洁。