灰指甲的治疗方法有多种，一般可以通过外用药物、口服药物以及手术等方式来改善。通常外用药物治疗可能需要较长时间，比如外用阿莫罗芬搽剂，每周使用1 - 2次，连续使用几个月。
外用药物治疗
阿莫罗芬搽剂：它是一种局部抗真菌药，能抑制真菌细胞膜的合成，从而发挥抗真菌作用。使用时要先清洁病甲，然后将搽剂均匀涂抹在病甲上，每周使用1 - 2次，一般需要连续使用数月才能看到较好效果。环吡酮胺乳膏：也可用于灰指甲的外用治疗，它能改变真菌细胞膜的完整性，影响真菌细胞的代谢过程。涂抹在病甲部位后，要保持局部清洁干燥，每天可涂抹1 - 2次。
口服药物治疗
伊曲康唑：属于抗真菌药物，它可以干扰真菌细胞色素P450的活性，抑制真菌细胞膜麦角固醇的合成，达到抗真菌效果。但使用伊曲康唑时需要注意，要按照冲击疗法服用，即连续服用一周，停药三周为一个疗程，一般需要多个疗程治疗。特比萘芬：同样是抗真菌药物，能特异性地抑制真菌角鲨烯环氧化酶，阻碍真菌细胞膜的合成。口服特比萘芬一般需要连续服用数月，具体疗程要根据病情严重程度来定。
手术治疗
拔甲术：对于病情较轻的灰指甲患者可以考虑。医生会将病甲拔除，但拔甲后新长出的指甲可能需要较长时间才能恢复正常，而且拔甲后要注意预防感染，需要定期换药等。不过现在这种方法相对用得少了，因为有更简便有效的药物治疗方法。激光治疗：利用特定波长的激光来破坏真菌。激光治疗相对痛苦较小，但是可能需要多次治疗才能达到理想效果，而且费用相对较高。在治疗过程中要注意保护周围正常组织，避免造成不必要的损伤。