泮托拉唑钠肠溶胶囊主要用于治疗活动性消化性溃疡（胃、十二指肠溃疡）、反流性食管炎和卓-艾氏综合征。一般来说，它能有效抑制胃酸分泌，从而缓解相关病症。
治疗消化性溃疡方面
胃溃疡治疗：泮托拉唑钠肠溶胶囊可通过抑制胃酸分泌，为胃溃疡创面的愈合创造有利环境。研究表明，它能减少胃酸对溃疡面的刺激，有助于促进溃疡修复。十二指肠溃疡治疗：对于十二指肠溃疡，泮托拉唑钠肠溶胶囊能降低胃酸浓度，减轻溃疡部位受到的酸的侵蚀，对缓解十二指肠溃疡引起的腹痛、反酸等症状有较好效果。
治疗反流性食管炎方面
缓解反流症状：反流性食管炎是由于胃酸反流至食管引起的炎症，泮托拉唑钠肠溶胶囊能抑制胃酸分泌，减少反流物中胃酸的含量，从而减轻食管黏膜受到的损伤，缓解烧心、反酸等反流相关症状。促进食管黏膜修复：它可以营造相对适宜的食管环境，帮助受损的食管黏膜进行修复，防止病情进一步恶化。
治疗卓-艾氏综合征方面
抑制胃酸过度分泌：卓-艾氏综合征患者体内会出现胃酸过度分泌的情况，泮托拉唑钠肠溶胶囊能够有效抑制胃酸的分泌，使胃酸分泌量恢复到相对正常的水平，缓解因胃酸过多引起的一系列不适症状，如胃痛、反酸等，维持患者的正常生理功能。