头皮毛囊炎的治疗方法需根据病情轻重来定。一般来说，轻度头皮毛囊炎可以通过日常护理等方法改善，而中重度可能需要药物治疗。
日常护理很重要
保持头皮清洁： 每天用温和的洗发水清洗头发，建议选择含有酮康唑成分的洗发水，它能抑制马拉色菌，帮助清洁头皮，降低毛囊炎发生风险。但要注意洗头频率不宜过高，一般2 - 3天洗一次头比较合适，过度清洁可能会破坏头皮的正常油脂平衡，反而加重毛囊炎。避免刺激头皮： 不要用力搔抓头皮，也不要使用刺激性强的发胶、摩丝等美发产品，这些产品可能会堵塞毛囊，诱发或加重头皮毛囊炎。
局部药物治疗
外用抗生素： 如果毛囊炎是细菌感染引起的，可外用莫匹罗星软膏等抗生素药膏。这类药膏能抑制细菌生长，减轻炎症。一般每天涂抹2 - 3次，涂抹前要先清洁头皮，保持局部干燥。抗真菌药物： 若是真菌感染导致的头皮毛囊炎，像头癣引起的，就要使用抗真菌药物，例如酮康唑乳膏。它可以抑制真菌的繁殖，通常需要连续使用几周时间，具体使用时长要根据病情恢复情况遵医嘱调整。
系统药物治疗
细菌感染严重时： 如果头皮毛囊炎比较严重，细菌感染扩散，可能需要口服抗生素，比如头孢类抗生素。但口服抗生素一定要在医生指导下使用，因为不同的头孢类药物有不同的适应证和禁忌证，而且要注意可能出现的不良反应，像过敏等情况。真菌感染顽固时： 对于顽固的真菌感染引起的头皮毛囊炎，口服抗真菌药物，如伊曲康唑等。不过口服抗真菌药物需要监测肝功能等指标，因为这类药物可能会对肝脏有一定影响，所以必须在医生的严密监测下使用。