宫颈囊肿多是宫颈的生理性变化，一般不需要特殊治疗。但如果伴有炎症等情况，可能需要相应处理。
无需治疗的情况
宫颈囊肿大多是宫颈转化区鳞状上皮取代柱状上皮过程中，新生的鳞状上皮覆盖宫颈腺管口或伸入腺管，将腺管口阻塞，导致腺体分泌物引流受阻、潴留形成囊肿。这种生理性的宫颈囊肿通常没有明显症状，也不会对身体造成不良影响，一般不需要进行治疗，定期做好妇科检查，观察囊肿变化即可。
炎症相关的治疗方式
如果宫颈囊肿是由宫颈慢性炎症引起，出现白带增多、发黄等症状时，需要针对炎症进行治疗。比如可以使用一些抗炎的栓剂，像保妇康栓等，通过阴道局部用药来减轻炎症。同时要注意个人卫生，保持外阴清洁干燥，避免不洁性生活等，防止炎症加重。
较大囊肿的处理方法
对于较大的宫颈囊肿，直径超过1厘米左右，或者有明显不适症状时，可采用物理治疗方法。例如激光治疗，利用激光的能量破坏囊肿的囊壁，使囊液流出，从而达到治疗目的；还有冷冻治疗，通过低温使囊肿组织坏死脱落。不过物理治疗后要注意创面护理，避免感染，一般治疗后1 - 2周会有阴道分泌物增多的情况，之后逐渐减少，要保持外阴清洁，禁止性生活1 - 2个月。
手术治疗情况
极少数情况下，宫颈囊肿可能是宫颈腺管口狭窄等特殊原因导致，或者怀疑有其他病变时，可能需要进行手术治疗。比如可以采用宫颈腺囊肿造口术，用手术刀将囊肿切开，引流出囊液，然后对创面进行处理。但手术治疗相对较少用，一般是在其他治疗无效或有特殊情况时才会考虑。