霉菌性尿道炎主要由白色念珠菌感染引起，治疗上一般需要使用抗真菌药物。通常可以选用氟康唑等药物来进行抗真菌治疗，一般经过规范治疗，多数患者能在数周内得到改善。
药物治疗选择
氟康唑： 属于三唑类抗真菌药物，通过抑制真菌细胞色素P450依赖酶，阻碍真菌细胞膜主要成分麦角固醇的生物合成，从而发挥抗真菌作用。一般针对霉菌性尿道炎有较好的疗效。伊曲康唑： 也是常用的抗真菌药物，同样能干扰真菌细胞的代谢过程，抑制其生长繁殖。
治疗中的生活注意事项
个人卫生清洁： 要保持尿道口清洁干燥，每天用温水清洗外阴部，勤换内裤，内裤最好选择棉质、宽松的，避免穿紧身化纤内裤，防止局部潮湿有利于真菌滋生。避免不洁性生活： 在治疗期间应避免性生活，以防交叉感染，性伴侣也最好同时检查是否感染，如有感染需一起治疗。
特殊人群治疗要点
女性患者： 女性在经期要特别注意卫生巾的更换，一般建议2~4小时更换一次，保持外阴清洁，同时要避免在经期盆浴，防止病菌侵入尿道引发或加重霉菌性尿道炎。糖尿病患者： 本身患有糖尿病的患者更容易并发霉菌性尿道炎，这类患者需要积极控制血糖，将空腹血糖控制在7mmol/L以下，餐后血糖控制在10mmol/L以下，因为高血糖环境有利于真菌生长繁殖，血糖控制不佳会影响霉菌性尿道炎的治疗效果，甚至导致病情反复。