灰指甲通常可以使用外用抗真菌药和口服抗真菌药来治疗。外用抗真菌药常见的有阿莫罗芬搽剂，一般每周使用1-2次，坚持使用数月可能见效。
外用抗真菌药
阿莫罗芬搽剂： 通过抑制真菌细胞膜合成发挥作用，每周使用1 - 2次即可，不过起效相对较慢，可能需要连续使用数月才能看到明显效果。环吡酮胺乳膏： 能改变真菌细胞膜的完整性，从而影响真菌的代谢，可涂抹在病甲处，但使用时要注意只用于病甲部位，避免接触周围正常皮肤。
口服抗真菌药
伊曲康唑： 属于合成的三氮唑衍生物，具有广谱抗真菌作用。采用冲击疗法，即服用一周，停药三周为一个疗程，一般需要2 - 3个疗程。不过在服用前需要检查肝功能，因为它可能会对肝脏有一定影响。特比萘芬： 能特异性地抑制真菌角鲨烯环氧化酶，影响真菌细胞壁的合成。一般连续服用12周 - 16周，同样在用药前要关注肝功能情况。
治疗时的注意事项
坚持用药： 无论是外用还是口服药物，都需要长时间坚持使用，不能看到稍有好转就停药，否则容易导致灰指甲复发。注意个人卫生： 要保持足部和手部的清洁干燥，勤换鞋袜，不与他人共用拖鞋、脚盆等物品，防止交叉感染。孕妇和儿童： 孕妇使用抗真菌药需要特别谨慎，儿童使用口服抗真菌药要在医生严格评估后，权衡利弊再决定是否使用，因为儿童的肝肾功能发育不完全，药物代谢可能与成人不同。