真菌感染的用药需根据感染部位、真菌种类等因素决定，常见抗真菌药物有氟康唑、伊曲康唑等。
浅部真菌感染用药
浅部真菌感染如皮肤癣菌感染，可选用外用抗真菌药物，像酮康唑乳膏等。这类药物通过抑制真菌细胞膜合成发挥作用，能有效缓解皮肤瘙痒、皮疹等症状，适用于局部浅表真菌感染，一般用药后数天可见症状改善。
深部真菌感染用药
深部真菌感染相对复杂，若为念珠菌属引起的深部感染，氟康唑常作为首选。氟康唑能较好地分布到感染部位，抑制真菌生长。对于曲霉属等引起的深部真菌感染，伊曲康唑可能更为适用，它对曲霉有一定抗菌活性。
特殊人群真菌感染用药
儿童真菌感染需谨慎用药，尽量选择相对安全的外用抗真菌药物，如联苯苄唑乳膏等，避免使用可能对儿童肝肾功能有影响的口服抗真菌药。孕妇真菌感染则要权衡药物对胎儿的影响，优先选择局部外用且对胎儿无明显不良影响的抗真菌药物，如克霉唑乳膏等。
耐药真菌感染用药
对于耐药的真菌感染，可能需要根据药敏试验结果选用棘白菌素类药物，如卡泊芬净等，这类药物通过抑制真菌细胞壁合成发挥作用，对耐药真菌有一定疗效，但使用时需密切监测患者反应。