卵巢囊肿的药物治疗需根据具体情况而定，一般来说，对于一些较小的、生理性的卵巢囊肿，可能不需要药物治疗，但如果是病理性囊肿，可能会用到一些药物。不过药物治疗不是对所有卵巢囊肿都适用，比如一些较大的囊肿可能需要手术干预。
生理性囊肿的观察
部分生理性囊肿可自愈： 有相当一部分卵巢囊肿是生理性的，比如卵泡囊肿和黄体囊肿。在月经周期中，卵泡发育成熟后未排卵形成卵泡囊肿，或者排卵后黄体形成但持续存在形成黄体囊肿。一般这类囊肿直径通常小于5厘米，可能在2 - 3个月经周期内自行消失，这种情况通常不需要用药治疗，定期复查B超观察囊肿变化即可，一般建议间隔1 - 3个月复查。
炎症性卵巢囊肿的药物治疗
抗炎药物的应用： 如果卵巢囊肿是由炎症引起的，比如盆腔炎性疾病导致的卵巢炎性包块，可能会使用抗炎药物。常用的抗炎药物有头孢类抗生素，如头孢曲松钠等，联合甲硝唑，甲硝唑可以抗厌氧菌。一般需要根据炎症的严重程度来决定用药疗程，通常需要使用1 - 2周左右，用药期间要注意观察症状是否缓解以及复查B超看囊肿变化。
激素相关卵巢囊肿的药物调节
针对内分泌因素的药物： 对于一些与激素水平相关的卵巢囊肿，比如多囊卵巢综合征患者可能出现的卵巢多囊样改变伴囊肿形成。可以使用调节激素的药物，像短效口服避孕药，常见的有炔雌醇环丙孕酮片等。这类药物可以调节月经周期，降低雄激素水平，从而影响卵巢囊肿的发展，一般需要连续服用3 - 6个月，在服用过程中要注意可能出现的副作用，如恶心、呕吐等，并且要定期复查激素水平和B超。
肿瘤性卵巢囊肿的药物辅助
辅助性药物： 如果是肿瘤性卵巢囊肿，一般以手术治疗为主，但在术前术后可能会用到一些辅助药物。比如对于一些恶性卵巢肿瘤，可能会用到化疗药物的辅助用药来减轻化疗副作用等，但具体药物需根据肿瘤的病理类型等情况由医生决定，而且这类药物的使用非常严谨，必须在医生的严格指导下进行，因为不同的肿瘤类型对应的辅助药物不同，并且药物使用过程中需要密切监测患者的身体状况。