输卵管囊肿形成的原因较多，可能与炎症刺激、输卵管阻塞、内分泌失调等有关。比如慢性输卵管炎长期刺激，就可能引发输卵管囊肿，约有部分输卵管囊肿的形成与炎症因素相关。
炎症刺激相关
慢性输卵管炎长期影响： 女性生殖系统若受到病原体感染，引发慢性输卵管炎，炎症长期刺激输卵管黏膜，使得黏膜细胞反复增生、堆积，就可能逐渐形成囊肿。例如盆腔炎反复发作，就容易波及输卵管，增加输卵管囊肿的发生风险。盆腔腹膜炎牵连： 盆腔腹膜炎如果没有得到及时有效的治疗，炎症蔓延至输卵管，也会对输卵管的正常结构和功能产生影响，进而可能促使输卵管囊肿形成。
输卵管阻塞因素
输卵管伞端阻塞： 当输卵管伞端发生阻塞时，输卵管内的分泌物无法正常排出，就会积聚在输卵管内，长时间积聚就可能形成囊肿。一般来说，输卵管伞端阻塞后数月到数年的时间里，就有可能逐渐形成囊肿。管腔粘连导致积液： 输卵管管腔因为各种原因发生粘连，使得管腔内的液体不能顺利流通，形成积液，积液不断积聚，也会逐渐发展成囊肿。
内分泌失调影响
雌激素水平异常： 体内雌激素水平如果出现异常波动，可能会影响输卵管的正常生理功能。比如雌激素长期处于较高水平，可能会刺激输卵管上皮细胞过度增生，从而增加输卵管囊肿的发生几率。研究发现，雌激素水平异常的女性，输卵管囊肿发生率比正常女性高出一定比例。孕激素失衡作用： 孕激素对输卵管的正常代谢等有重要调节作用，若孕激素失衡，也可能干扰输卵管的正常状态，为输卵管囊肿的形成创造条件。