小孩子扁桃体切除可能会对免疫系统有一定影响，一般来说，儿童时期扁桃体是免疫器官，切除后短期内可能使上呼吸道抵御细菌和病毒的能力略有下降，但通常不会有严重后果。据统计，大部分孩子在扁桃体切除后1~2年内，免疫系统会逐渐调整，这种影响会慢慢减弱。
免疫力方面的影响
短期可能下降： 扁桃体是人体免疫系统的一部分，儿童时期扁桃体参与抵御病菌入侵。切除后，短期内上呼吸道抵御病菌的第一道防线功能会有一定程度减弱，比如可能在术后1~3个月内，孩子感冒、呼吸道感染的频率可能比以前稍高一些。长期可逐渐适应： 随着孩子年龄增长，其他免疫器官会逐渐代偿，一般在切除后的1~2年，免疫系统能逐步调整，孩子呼吸道感染的频率会慢慢恢复到接近正常水平。
对吞咽功能的影响
术后初期吞咽不适： 扁桃体切除术后1~2天内，孩子吞咽时可能会有疼痛，需要吃软食或流食，比如术后1~2天可以吃牛奶、豆浆、稀粥等。一般1周左右疼痛会明显减轻，吞咽逐渐恢复正常。长期吞咽通常无大碍： 多数孩子在扁桃体切除术后1个月左右，吞咽功能基本恢复正常，能正常进食各种食物，不会对正常的饮食摄入造成长期影响。
对发声的影响
术后短期发声变化： 扁桃体切除术后，可能会有短暂的声音改变，比如声音稍显低沉或沙哑，这是因为手术区域的肿胀等因素影响。一般术后2~4周，随着手术创面恢复，发声会逐渐恢复到术前状态。长期发声通常不受限： 绝大多数孩子在扁桃体切除术后3个月左右，发声基本恢复正常，不会对正常的说话、唱歌等发声功能产生长期不良影响。