口腔粘膜病的治疗方法需根据具体类型而定。一般来说，对于常见的口腔溃疡，局部可使用含漱剂，如0.1%依沙吖啶溶液，能起到清洁、杀菌作用，促进愈合，通常每天含漱多次。
口腔溃疡的治疗
局部用药：除了依沙吖啶溶液，还有氯己定含漱液，可抑制细菌生长。另外，口腔溃疡散也能起到消肿、止痛、促进溃疡愈合的作用。全身调节：如果是反复发生的口腔溃疡，可能需要全身调节，比如补充维生素B族，一般建议每天补充一定剂量的复合维生素B。
扁平苔藓的治疗
局部治疗：对于糜烂型扁平苔藓，可使用曲安奈德口腔软膏，局部涂抹能减轻炎症。通常每天涂抹数次。全身治疗：病情较重时可能需要全身用药，如口服糖皮质激素，不过要在医生严格评估下使用，因为这类药物有一定副作用。
念珠菌性口炎的治疗
局部抗真菌：常用2%~4%碳酸氢钠溶液漱口，新生儿鹅口疮可用此溶液清洗口腔，抑制念珠菌生长。一般每天漱口数次。全身抗真菌：对于严重的念珠菌性口炎，可能需要口服抗真菌药物，如氟康唑，但需严格遵医嘱使用，尤其要注意药物的禁忌和可能的不良反应。