个子太矮可能由多种原因导致。一般来说，遗传因素是很重要的一方面，如果父母身高较矮，孩子遗传矮身高的可能性会增加，据统计，约70%-80%的身高变异由遗传因素决定。
遗传因素影响
家族遗传倾向： 如果家族中普遍身高偏矮，那么后代个子矮的概率相对较高。比如父母双方都属于身材较矮的情况，子女很可能遗传这种矮小的体质。基因层面影响： 人体的身高相关基因决定了骨骼的生长发育等情况，一些与生长激素分泌、骨骼发育等相关的基因发生变异等，会影响身高的正常增长。
内分泌因素导致
生长激素缺乏： 生长激素对人体的生长发育起着关键作用，如果垂体分泌生长激素不足，就会影响身高增长。儿童期生长激素缺乏症的患儿，身高增长会明显慢于同龄人，每年身高增长通常低于4厘米。甲状腺功能减退： 甲状腺激素能促进机体生长发育，尤其是对骨骼和神经系统的发育至关重要。甲状腺功能减退的患者，由于甲状腺激素分泌不足，会导致生长迟缓，身材矮小，同时还可能伴有智力发育迟缓等问题。
营养因素制约
营养摄入不足： 青少年时期是身高快速增长的关键阶段，如果在这个时期蛋白质、钙、磷等营养素摄入不足，会影响骨骼的正常生长。例如，儿童长期缺乏蛋白质，会导致身体发育不良，身高受到限制；钙是骨骼的重要组成成分，缺钙会影响骨骼的钙化，导致骨骼生长异常。营养不均衡： 饮食中各种营养素搭配不合理，比如维生素D缺乏会影响钙的吸收，也会阻碍身高增长。维生素D有助于肠道对钙的吸收，若缺乏维生素D，即使摄入足够的钙，也不能被很好地吸收利用，进而影响骨骼的生长发育。
疾病因素干扰
慢性疾病影响： 一些慢性疾病如先天性心脏病、慢性肾病等会影响身体的正常生长发育。例如，慢性肾病患者由于肾脏功能受损，会影响体内激素的代谢和营养物质的排泄等，从而导致生长迟缓，身材矮小。染色体异常疾病： 像特纳综合征，这是一种常见的性染色体异常疾病，主要发生在女性身上，患者会出现身材矮小、性腺发育不良等症状，染色体核型通常为45，XO。