巧克力囊肿好不好治取决于多种情况。如果病情较轻，积极治疗往往是能治好的；但要是任由病情发展，出现癌变的话，可能就不好治了。巧克力囊肿的病因及发病机制目前尚不完全明确，可能与遗传因素、免疫因素等有关。
一、早期积极治疗通常好治：在病情前期确诊后，积极配合医生采取药物治疗、保留生育功能手术、根治性手术等方式，一般是可以治好的。比如通过药物治疗可能会取得一定效果，但要注意存在复发的可能性，所以需要定期到医院进行查体检查、超声检查等。
二、任由病情发展可能不好治：若患者不重视，未进行积极治疗，任由病情持续发展，有可能会发生癌变，形成卵巢子宫内膜样癌或透明细胞癌等，这时情况就比较严重了，通常不好治。
在日常生活中，要坚持定期锻炼，避免食用辣椒、生蒜等辛辣刺激食物，这样有助于降低疾病的复发率。一旦出现严重腹痛、经血量过多等情况，应立即就医进行治疗。
总之，对于巧克力囊肿，早期重视并规范治疗大多预后较好，而若不及时处理任由其发展则可能导致不良后果。患者应关注自身健康状况，积极配合治疗和做好日常防护。