小儿化食口服液的副作用目前临床报道相对较少，但仍需关注。一般来说，正常按照医嘱服用时副作用发生概率较低，但也可能存在一些情况。
胃肠道方面的可能反应
消化道不适：少数患儿可能出现轻微的胃肠道不适，比如服药后偶尔会有恶心的感觉，不过这种情况发生的概率较低，可能在1% - 5%左右。腹泻情况：个别的孩子在服用小儿化食口服液后可能出现腹泻症状，但一般程度较轻，每天腹泻次数通常不超过3次，而且多数在减少药量或停药后可缓解。
过敏相关情况
皮肤过敏表现：极个别儿童可能对小儿化食口服液中的某些成分过敏，会出现皮肤瘙痒的症状，皮肤表面可能会有散在的小红疹，不过这种过敏情况发生的概率非常低，大概在0.1%以下。严重过敏风险：虽然罕见，但也有出现更严重过敏反应的可能，比如面部肿胀、呼吸困难等，但这种情况极为少见，一旦出现需立即停药并就医。
特殊人群需留意的情况
婴幼儿慎用：对于6个月以下的婴儿，由于其胃肠道等器官功能发育尚不完善，服用小儿化食口服液出现副作用的风险相对更高，所以一般不建议6个月以下婴儿随意服用该药物，若有需要必须在医生严格评估后谨慎使用。肝肾功能不全儿童：肝肾功能不全的小儿在服用小儿化食口服液时也需要格外谨慎，因为药物需要经过肝肾代谢，可能会加重肝肾负担，从而增加出现不良反应的可能性，所以这类儿童服用时需密切监测肝肾功能指标。