灌肠治疗既有好处也有坏处。好处在于能使药物迅速到达体内，吸收效果好；坏处则是可能对直肠粘膜造成一定损伤，进而引发小儿腹泻。
儿童灌肠的好处：
一、短时间内对小儿全身影响不大，不良反应少。在通便方面是较好的方法，也是治疗孩子感冒的常见手段，能减轻孩子的痛苦。
二、药物可快速起效且不伤胃，容易被宝宝接受。
儿童灌肠的坏处：
一、容易引起过敏。灌肠治疗通常不做皮试，若孩子对药物过敏，这种治疗一旦出现过敏现象，后果可能很严重，甚至可能出现休克，所以家长对此必须高度重视。
二、可能导致肠道菌群失调。灌肠治疗会使人体内菌群紊乱，尤其是使用抗生素类药物时，很容易因肠道菌群失调而引发腹泻。
总之，灌肠治疗具有两面性，在给儿童进行灌肠治疗时要谨慎权衡利弊，密切关注可能出现的问题。