扁平疣可以使用的药膏有很多，比如维A酸类药膏。一般来说，维A酸乳膏是常用的一种，它可以调节细胞分化，帮助改善扁平疣的症状，但可能需要连续使用数周甚至数月才能看到效果。
外用抗病毒药膏
重组人干扰素α-2b凝胶：它具有抗病毒、调节免疫的作用。通过抑制病毒DNA和RNA的合成，从而发挥抗病毒效应，还能增强巨噬细胞的吞噬功能、提高淋巴细胞对靶细胞的细胞毒性和自然杀伤细胞的功能，帮助机体对抗扁平疣病毒。一般每天涂抹1 - 2次，涂抹在患处。不过，孕妇及哺乳期妇女使用时需谨慎，最好在医生指导下使用。咪喹莫特乳膏：属于免疫调节剂，它可以刺激机体产生干扰素等细胞因子，发挥抗病毒和调节免疫的作用来对抗扁平疣。通常每周使用3次，在睡前涂抹，6 - 10小时后洗净。但部分人使用后可能会出现局部皮肤红斑、脱屑、瘙痒等不良反应，若反应严重需及时就医。
腐蚀性药膏
水杨酸软膏：水杨酸有一定的腐蚀性，能促使扁平疣角质层脱落。使用时要注意只涂抹在疣体上，避免接触正常皮肤。一般每天1 - 2次外用，使用过程中要观察皮肤反应，若正常皮肤出现刺激症状要及时停药。五妙水仙膏：这也是一种腐蚀性药膏，它可以使疣体坏死、脱落。但使用时需要由专业医护人员操作，因为要准确控制用药范围和剂量，避免损伤周围正常皮肤。一般适用于疣体较小的情况，使用后局部可能会结痂，要让痂皮自然脱落，期间注意保持局部清洁干燥。
其他外用药物
氟尿嘧啶软膏：它是一种抗代谢药物，通过阻断DNA和RNA的合成发挥作用，从而抑制疣体生长。但氟尿嘧啶软膏有一定的刺激性，可能会引起局部疼痛、炎症等，面部等皮肤薄嫩部位要慎用，使用时需严格遵医嘱。他扎罗汀凝胶：属于维A酸类药物，能调节表皮细胞的增殖和分化，对扁平疣有一定的治疗作用。使用时同样要注意避免接触正常皮肤，开始使用时可能会有轻度的局部刺激症状，如红斑、脱屑等，一般随着用药时间延长会逐渐耐受。