扁平尤可以通过药物治疗、物理治疗等方法来改善，一般来说，综合治疗可能在数周到数月内看到较好效果。比如外用药物治疗配合物理治疗，可能较快改善症状。
外用药物治疗
维A酸类药物：像维A酸乳膏，它可以调节表皮细胞的分化，抑制角质形成细胞的增殖，从而有助于扁平尤的消退，但使用时要注意可能会有局部刺激反应，如红肿、脱屑等，一般需要连续使用数周。干扰素凝胶：具有抗病毒和免疫调节作用，能抑制病毒的复制，增强机体的免疫功能来对抗引起扁平尤的病毒，但起效相对较慢，可能需要持续使用1 - 2个月左右。
物理治疗方法
冷冻治疗：利用低温使扁平尤组织坏死脱落。通常一次冷冻后，可能需要1 - 2周观察扁平尤的变化，部分人可能一次冷冻就能看到明显效果，但也有部分人可能需要多次冷冻。冷冻后局部会出现水疱、结痂，要注意保持局部清洁，避免感染。激光治疗：通过激光的热能破坏扁平尤组织。激光治疗相对比较快捷，一般治疗后创面会逐渐愈合，通常1 - 2周左右创面基本恢复，但要注意术后防晒，防止色素沉着。
系统药物治疗
免疫调节剂：对于病情较为顽固、反复发作的扁平尤患者，可能会使用免疫调节剂，如转移因子等。这类药物需要按疗程使用，一般需要连续服用数周甚至数月，通过调节机体的免疫功能来清除病毒，但个体对药物的反应存在差异。中药治疗：一些中药方剂也可用于扁平尤的治疗，比如具有清热解毒、活血化瘀作用的中药，但中药治疗的起效时间相对较慢，需要长期服用，且不同的方剂适用于不同证型的患者，需要中医医生根据个体情况辨证论治。