小儿发烧灌肠的好处主要包括：易于小儿接受，能避免刺激，吸收快速且便于给药。而坏处有：易使肠道受损、引发腹泻、导致菌群紊乱，还容易继发感染。
一、易于小儿接受：小儿通常对口服药物较为反感，而灌肠这种方式可避免因口服药物而引起的哭闹、呕吐等情况。
二、避免刺激：药物直接通过直肠吸收，能规避药物对胃肠粘膜的刺激。
三、吸收快速：直肠血管丰富，吸收快，能够迅速达到退烧的效果。
四、便于给药：灌肠可以杀死肠道里的细菌病毒，还能促进排泄，对于有便秘的孩子具有通便作用。
然而，灌肠也存在一些弊端。首先，灌肠属于侵入性操作，可能会导致小儿肠道受到损伤。其次，会刺激肠蠕动进而引起腹泻。再者，药物进入肠道深处容易产生污染。此外，菌群失调会造成内环境改变，使肠道功能变差。并且，如果灌肠时存在大便，会影响药物吸收，同时剂量也不好把握。
总之，小儿发烧灌肠有其好处和坏处，在实际应用中需要谨慎考虑和权衡。