眼麦粒肿主要是由葡萄球菌感染引起的，尤其是金黄色葡萄球菌。一般来说，睫毛毛囊或其附属的皮脂腺（Zeis腺）、汗腺（Moll腺）被感染就容易形成麦粒肿。
麦粒肿的形成原因之细菌感染
葡萄球菌为主因： 金黄色葡萄球菌是引发麦粒肿最常见的细菌。当眼部的卫生状况不佳时，比如用脏手揉眼睛，就会让葡萄球菌有可乘之机，它们趁机侵入睫毛根部的皮脂腺或汗腺，从而引发感染，导致麦粒肿形成。
麦粒肿的形成原因之眼部腺体堵塞
腺体堵塞引发炎症： 眼睑上的皮脂腺和汗腺如果发生堵塞，比如平时使用过于油腻的眼部化妆品，或者眼部皮肤的代谢产物堆积等情况，就会使腺体分泌物无法正常排出，进而在局部聚集，刺激周围组织，引发炎症反应，最终形成麦粒肿。一般这种堵塞情况持续一段时间后，就会逐渐表现出麦粒肿的红肿等症状。
麦粒肿的形成原因之机体抵抗力下降
抵抗力低易发病： 当人体的抵抗力下降时，比如熬夜、过度疲劳、患有某些全身性疾病等情况，身体抵御细菌的能力变弱，这时候眼部就更容易受到葡萄球菌等病菌的侵袭，从而增加了患麦粒肿的风险。例如长期熬夜的人，眼部的防御机制受到影响，就比作息规律的人更易长麦粒肿。