奥利司他胶囊常见的副作用主要体现在胃肠道、脂溶性维生素吸收及其他方面。一般来说，约有50%左右的人可能会出现胃肠道相关副作用。
胃肠道方面的副作用
腹痛、腹泻： 这是比较常见的胃肠道反应。部分人服用奥利司他胶囊后，可能会出现腹部绞痛、排便次数增多且大便较稀的情况。比如有的患者可能一天会有3 - 4次不成形的大便，还可能伴有肚子咕噜咕噜响的表现。油性大便、排气增多： 服用奥利司他胶囊后，由于药物抑制了脂肪的吸收，未被吸收的脂肪会随粪便排出，导致大便中有油点，呈油性大便。同时，也可能出现排气增多的现象，有时排气时还可能带有少量油脂样物质。
对脂溶性维生素吸收的影响
维生素A、D、E、K吸收减少： 奥利司他胶囊会影响脂溶性维生素的吸收。长期服用可能导致体内维生素A缺乏，出现皮肤干燥、夜盲症等表现；维生素D缺乏可能引起骨质疏松等问题；维生素E缺乏可能影响生殖系统功能等；维生素K缺乏会导致凝血功能异常，表现为容易出血、凝血时间延长等。不过，正常按照推荐剂量短期服用时，这种影响相对较小，但如果长期大量服用，就需要注意监测这些维生素的水平。
其他可能的副作用
头痛： 少数人服用奥利司他胶囊后会出现头痛症状，一般程度较轻，但也有个别人头痛比较明显。月经紊乱： 有报道显示，个别女性在服用奥利司他胶囊后可能出现月经周期紊乱的情况，比如月经提前或推迟、月经量改变等，但这种情况相对比较少见。过敏反应： 极个别患者可能对奥利司他胶囊过敏，出现皮疹、瘙痒、呼吸困难等过敏症状，一旦出现过敏反应应立即停药并就医。