肛门直肠脓肿主要是由肛腺感染引起的，约90%的肛门直肠脓肿是因肛腺阻塞感染所致。比如肛腺开口于肛窦，若肛窦受损伤，粪便等异物易进入肛窦引发感染，进而蔓延至肛腺，导致肛腺炎，炎症扩散就可能形成肛门直肠脓肿。
一、肛窦感染相关因素
肛窦损伤：粪便中的坚硬异物、粗糙食物等都可能损伤肛窦。比如长期便秘的人，排便时干硬粪便容易擦伤肛窦，使得细菌更容易侵入。据统计，有便秘史的人群发生肛窦损伤进而引发肛门直肠脓肿的概率相对较高。肛窦本身特点：肛窦呈口袋状，开口向上，容易积存粪便和细菌，一旦机体抵抗力下降，就容易发生感染。
二、肠道细菌感染因素
常见致病菌：大肠杆菌、金黄色葡萄球菌等是引发肛门直肠脓肿常见的致病菌。大肠杆菌在肠道中广泛存在，当机体抵抗力降低时，它容易从受损的肛窦侵入周围组织引发感染。细菌入侵途径：细菌可通过肛腺管进入肛腺，然后向周围组织蔓延。例如，当人体免疫力下降时，肠道内的大肠杆菌等细菌就可能顺着肛腺管侵入，导致肛腺及其周围组织发炎，逐渐形成脓肿。
三、其他因素影响
免疫力低下人群：患有糖尿病等基础疾病的人，免疫力相对较低，更容易受到细菌感染。比如糖尿病患者血糖控制不佳时，白细胞的杀菌能力会受到影响，使得身体抵御肛门直肠周围细菌感染的能力下降，从而增加了患肛门直肠脓肿的风险。局部损伤后感染：肛门部位受到外伤，如肛门部位的手术、异物损伤等，若没有得到及时有效的处理，也容易引发感染形成脓肿。例如，肛门部位进行过有创检查后，如果消毒不彻底，就可能导致细菌感染，进而发展为肛门直肠脓肿。