新生儿湿疹可以选择的药膏需谨慎选择，一般来说，弱效的糖皮质激素药膏相对有效，如0.05%丁酸氢化可的松乳膏，通常短期使用相对安全。
糖皮质激素药膏类
弱效糖皮质激素药膏： 像0.05%丁酸氢化可的松乳膏，它可以减轻湿疹引起的炎症、瘙痒等症状。这类药膏对于新生儿湿疹有一定的缓解作用，但使用时要注意短期应用，一般连续使用不超过一周。中效糖皮质激素药膏： 例如1%氢化可的松乳膏，抗炎效果比弱效的更强，但也不能长期大面积使用在新生儿皮肤上，使用时需在医生指导下，根据湿疹的严重程度来把控使用时长。
钙调磷酸酶抑制剂类
他克莫司软膏： 0.03%或0.1%浓度的他克莫司软膏可用于新生儿湿疹。它通过调节免疫系统来发挥作用，相对来说，对于一些不能使用糖皮质激素药膏的新生儿，可能是一个选择，但使用初期可能会有局部轻度的灼热感等不适，但一般能逐渐适应。吡美莫司乳膏： 1%浓度的吡美莫司乳膏也可用于轻至中度的新生儿湿疹，同样是通过调节免疫来缓解湿疹症状，使用时要注意观察新生儿的皮肤反应。
保湿修复类药膏辅助
凡士林软膏： 凡士林软膏可以起到保湿的作用，能帮助修复新生儿受损的皮肤屏障。在湿疹发作时，配合糖皮质激素药膏或钙调磷酸酶抑制剂使用，能加强皮肤的保湿效果，促进皮肤恢复。一般新生儿都可以使用凡士林软膏来进行皮肤保湿护理。尿素乳膏： 10%尿素乳膏有保湿、软化角质的作用，对于新生儿湿疹伴有皮肤干燥、角质层增厚的情况有一定帮助，但使用时要注意浓度，避免刺激新生儿皮肤。使用前最好先在小面积皮肤上测试，观察是否有不良反应。