呋塞米和氢氯噻嗪都是利尿剂，但它们有不少区别。一般来说，呋塞米起效更快，作用更强，而氢氯噻嗪相对起效慢一些，作用弱些。
作用机制方面
呋塞米：它主要是抑制肾小管髓袢升支粗段对氯化钠的重吸收，从而增加钠、氯、钾等电解质的排泄，发挥强大的利尿作用。氢氯噻嗪：是抑制远端小管前段和近端小管（作用较轻）对氯化钠的重吸收，增加氯化钠和水的排泄，同时促进钾的排泄。
起效时间与作用持续时间方面
呋塞米：静脉注射后数分钟即可起效，半小时达到高峰，作用持续时间约2小时。口服给药后约30分钟起效，1-2小时达高峰，作用持续6-8小时。氢氯噻嗪：口服后约2小时起效，4-6小时达高峰，作用持续时间约12-18小时。
临床应用方面
呋塞米：常用于治疗水肿性疾病，像充血性心力衰竭、肝硬化、肾脏疾病（肾炎、肾病及各种原因所致的急、慢性肾衰竭）等引起的水肿；还可用于高血压危象的辅助治疗；也能用于预防急性肾功能衰竭，在少尿时应用；对于高钾血症及高钙血症、稀释性低钠血症（尤其是当血钠浓度低于120mmol/L时）等也有一定治疗作用。氢氯噻嗪：主要用于治疗高血压，可单独使用或与其他降压药联合应用；也适用于水肿性疾病，如充血性心力衰竭、肝硬化腹水、肾病综合征等引起的水肿；还能用于中枢性或肾性尿崩症，以及肾石症（主要用于预防含钙盐成分形成的结石）。
不良反应方面
呋塞米：可能引起水电解质紊乱，比如低血容量、低血钾、低血钠、低氯性碱中毒等；还可能有耳毒性，尤其是大剂量静脉快速注射时易引起，表现为耳鸣、听力减退或暂时性耳聋；另外，长期用药可能导致血糖升高、血尿酸升高，也可能引起恶心、呕吐、腹泻等胃肠道反应。氢氯噻嗪：同样可能导致水电解质紊乱，如低血钾、低血钠、低氯性碱中毒等；还可能引起高血糖、高尿酸血症；少数人会出现过敏反应，如皮疹、荨麻疹等，也可能有胃肠道反应，如恶心、呕吐、腹痛等。不过氢氯噻嗪的耳毒性相对呋塞米要少见得多。