鼻窦炎的药物治疗需根据病情来选择，常用的有抗生素、鼻用糖皮质激素、黏液促排剂等。一般来说，急性细菌性鼻窦炎可能需要使用抗生素等药物，比如对于细菌感染引起的急性鼻窦炎，常用阿莫西林等抗生素，疗程通常为10天左右。
抗生素类药物
青霉素类： 如阿莫西林，适用于大多数敏感菌引起的鼻窦炎，但对青霉素过敏者禁用。一般用于轻度至中度的细菌性鼻窦炎。头孢菌素类： 像头孢克洛等，抗菌谱较广，对多种细菌有抑制作用。如果患者对青霉素类药物过敏，可考虑使用头孢菌素类，但使用前需确认无头孢菌素过敏史。
鼻用糖皮质激素
布地奈德鼻喷雾剂： 能减轻鼻腔炎症反应，缓解鼻塞、流涕等症状。一般每天使用1 - 2次，每次每个鼻孔喷一定剂量，连续使用一段时间来改善鼻窦的炎症状态。糠酸莫米松鼻喷雾剂： 也可用于减轻鼻窦炎引起的鼻黏膜炎症，使用方法类似布地奈德鼻喷雾剂，能帮助减轻鼻黏膜的水肿和充血。
黏液促排剂
桉柠蒎肠溶软胶囊： 可以促进鼻窦分泌物的排出，改善鼻窦的通气引流。一般建议用温水送服，成人通常一次1粒，一天3 - 4次。它能帮助稀释黏液，让分泌物更容易排出。欧龙马口服滴剂： 同样具有促进黏液排出的作用，可用于鼻窦炎的辅助治疗，儿童和成人的用量有所不同，需按照说明书或医嘱使用。
对症治疗药物
减充血剂： 如麻黄碱滴鼻液，但这类药物不能长期使用，一般使用不超过3 - 5天，否则可能引起药物性鼻炎。它能快速减轻鼻腔黏膜充血，缓解鼻塞症状，但长期用会有副作用。抗组胺药： 如果鼻窦炎伴有过敏因素，如过敏性鼻炎合并鼻窦炎，可使用氯雷他定等抗组胺药，能减轻鼻痒、打喷嚏、流涕等过敏症状，从而间接改善鼻窦炎相关的不适。