HPV感染后大多没有明显症状，部分人可能出现生殖器部位的异常表现。比如，感染低危型HPV可能会引起生殖器疣，在外生殖器、肛门周围等部位出现单个或多个淡红色小丘疹，逐渐增多、增大，可呈菜花状、乳头状等外观。
生殖器疣相关表现
早期小丘疹： 刚开始可能是细小的淡红色丘疹，质地柔软，顶端稍尖锐。一般没有疼痛或瘙痒等明显不适，但随着病情发展会逐渐变化。后期形态变化： 丘疹会逐渐增大增多，有的融合成较大的疣体，形状多样，如菜花状、鸡冠样等，表面可能粗糙不平，触碰易出血。
高危型HPV持续感染相关情况
无症状持续感染： 大部分高危型HPV感染属于一过性，身体免疫系统可在8 - 12个月内清除病毒。但有少部分人会出现持续感染，此时自身通常没有明显感觉，不过长期持续感染高危型HPV可能增加患宫颈癌等病变的风险。可能引发的病变征兆（后期）： 如果高危型HPV持续感染进而引发宫颈病变，在病变发展到一定程度时，可能出现阴道不规则出血，比如性交后出血、绝经后阴道出血等；还可能有阴道分泌物增多，伴有异味等情况，但这些表现往往出现在较严重的病变阶段。
不同部位感染的特殊表现
肛门生殖器以外部位感染： 比如口腔、咽喉等部位感染HPV，可能会出现相应部位的疣状病变，但相对比较少见，症状表现因感染部位而异，如口腔感染可能有局部的小疙瘩等表现。宫颈感染的特殊检查发现： 通过宫颈细胞学检查（TCT）和HPV检测等，能发现宫颈是否有HPV感染及宫颈细胞的变化情况，即使没有明显症状，也可能在这些检查中发现异常结果。