男性生殖器根部长小水泡可能源于以下几种情况：
一、生殖器疱疹：这是由单纯疱疹病毒感染引发的病症。主要呈现为生殖器与会阴部出现疱疹和溃疡，往往伴有疼痛以及局部感觉异常。其治疗方式包括局部使用炉甘石洗剂等药物，以及口服抗病毒药物如阿昔洛韦等。
1.局部用药：炉甘石洗剂具有收敛、保护等作用，有助于缓解症状。
2.口服药物：阿昔洛韦能抑制病毒复制，从而控制病情发展。
二、包皮龟头炎：是阴茎包皮和龟头发生肿胀与炎症反应的一类疾病。其表现为生殖器部位的红肿、疼痛、皮疹、溃疡等。治疗上以局部涂抹克霉唑乳膏、倍他米松乳膏等药物为主。
1.克霉唑乳膏：可用于抗真菌，对因真菌感染导致的包皮龟头炎有治疗效果。
2.倍他米松乳膏：能起到抗炎、止痒等作用，缓解相关症状。
三、阴囊湿疹：这是一种过敏性皮肤病，属于湿疹的一种，可延伸至阴茎，表现为丘疹、丘疱疹、小水疱等，有显著的渗液症状。可口服氯雷他定等药物进行治疗。
1.氯雷他定：具有抗过敏的功效，可减轻湿疹引发的不适。
以上药物均需在医生指导下使用。若男性生殖器根部长小水泡，应及时前往医院就诊，严格遵循医嘱接受相应检查和治疗。